Hola! Si no me equivoco, la RAE introdujo la J para el antiguo sonido de la X por puras razones etimológicas, ya que la mayoría de las palabras latinas llevaban una i consonántica donde en el castellano actual llevan J — MU(L)IER > MUJER, IUNCTUS > JUNTO, IAM MAGIS > JAMÁS, IOTA > JOTA, IUVENIS > JOVEN, IULIUS > JULIO, etc. — aunque su pronunciación velar actual ya no tenga nada que ver con la de la "i" latina.
Respecto a tu pregunta:
La CH para representar el sonido palatal africado actual se tomó del francés, en el que su sonido es similar pero fricativo.
La K tuvo su origen de la griega KAPPA a través del latín, pero en éste último, al igual que en español y a pesar de formar parte del abecedario, casi no se usaba exceptuando algunos casos especiales tales como palabras tomadas del griego.
La Q es también de origen latino (qu), habiéndose introducido a éste, a través de una variedad de escritura griega, del fenicio "qop".
Espero te sirva la explicación, tal vez Francesc puntualice un poco.
Saludos desde Hungría.
