yo sólo estuve 5 días y fue por trabajo (el tiempo para visitar lo que te comenté lo "arañaba" del tiempo libre), por eso no te puedo aconsejar cómo llegar desde el Aeropuerto, ya que a mi me llevaron en guagua (autobus) hasta el hotel. Para moverte por Tokyo lo mejor es el metro (evita las horas punta a ser posible) y el tren JR Yamanote (JR es Japan Rail), en las estaciones a la entrada tienes maquinas para sacar los billetes, lo que tienes que mirar es en que estacion te tienes que bajar porque ese es el valor del billete que tienes que comprar (en general suele ser entre 150 y 190 yenes), ademas conserva siempre el billete porque te hara falta a la salida de la estacion.
Hay muchas mas cosas que ver por alli claro, p ej en la zona de Ginza tienes el Sony Building donde tienes expuesta (y a la venta) la ultima tecnologia de Sony, por esa zona hay tambien grandes almacenes tipo Corte Ingles para comprar recuerdos y si tienes hijas, una gran tienda de Hello Kitty (aunque no se exactamente donde esta).
En la zona de Shinjuku tienes muchas tiendas, restaurantes y librerias (de noche y si llueve, como me paso a mi, es como estar en la pelicula Blade Runner). En el barrio de Ropongi tienes discotecas y mas restaurantes (a mi me llevaron a uno llamado Gonpachi, donde se rodo parte de la escena de Kill Bill en la que Uma Thurman se carga a un monton de malos)
Lo dicho, a disfrutar (yo he quedado encantado y espero volver algun dia) y recuerda que los japoneses son muy amables, el problema es que muchos no hablan ingles o lo pronuncian con un acento muy raro, pero si les preguntas al final se hacen entender.
Domo arigato (si les das las gracias asi, les encanta y te responderan domo arigato gozaimass)